本館では、公益社団法人北海道アイヌ協会とのあいだに協定を結んで、ふたつの事業を実施しています。

ひとつはカムイノミ儀礼の実施です。 カムイノミというアイヌ語は「神への祈り」との意味であり、その実施は、本館が所蔵するアイヌの標本資料の安全な保管と後世への確実な伝承を目的としています。以前は萱野茂氏（故人、二風谷アイヌ資料館前館長）によって非公開でおこなわれていました。平成19年度からは、社団法人北海道ウタリ協会（現・公益社団法人北海道アイヌ協会）の会員がカムイノミと併せてアイヌ古式舞踊の演舞を実施し、公開しています。

もう一つの事業はアイヌ協会が派遣した伝統工芸技術者の受け入れです。本館の所蔵する資料の研究・活用による学術研究の進展とアイヌ民族の文化の振興を目的としています。