企画展「みんぱく水族館」は、マダイやカクレクマノミなど、ほんとうに生きている魚などの水族と、豊富な民族資料を同時に展示して、人と水族との深い関係が理解できるように企画された、夏休みの小中学生や家族向けの展示です。
会場は、日本：「漁撈」、オセアニア：「航海と交易」、南北アメリカ：「アートと表現」、アジア：「生活の中の魚」、アフリカ：「イマジネーション」という、５つの地域と人と水族の関係を特徴づけるそれぞれのテーマにそって民族資料を展示しています。水族も各地域ごとに水槽を設置し、約30種380匹を展示しています。
また、会場は本館展示場の入り口部分に当たります。この展示をみることで、地域別に構成された本館展示場の展示物を見る際に、「人と水族」という地域をこえた見方を提供したいというねらいもあります。